Segundo Rui Carvalho, que ainda hoje é professor na Universidade de Coimbra, o então aluno Tiago Brandão Rodrigues terá ludibriado a Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) ao pedir uma bolsa para pagar propinas na Universidade do Texas (no prestigiado Southwestern Medical Center)  onde se deslocou em Setembro de 2001 para fazer um estágio no âmbito do seu projecto de doutoramento. Isto porque, sublinha Rui Carvalho, a Universidade do Texas não cobrava propinas aos alunos que lá estudavam no regime fixado para Tiago Brandão Rodrigues. Ou seja: não fazia sentido pedir uma bolsa para as pagar.

Rui Carvalho afirma que soube da alegada fraude quando contactou a FCT no sentido de se informar sobre os mecanismos formais que seria necessário cumprir no sentido de se desvincular da orientação do doutoramento de Tiago Brandão Rodrigues. "Assim que dei o nome do candidato à senhora do departamento de bolsas, nem precisei de lhe dar a referência da bolsa. A senhora disse-me: ‘Ó senhor doutor, é uma grande coincidência estar a ligar-me porque nos últimos seis meses andamos a tentar contactar esse aluno para lhe pedir o recibo do pagamento de propinas em Dallas e não conseguimos’." 

Rui Carvalho terá  informado de imediato Tiago Brandão Rodrigues que tinha de devolver os cerca de 18 mil euros que recebera indevidamente, o que acabou por acontecer em Setembro de 2002 por iniciativa do actual ministro. A SÁBADO teve acesso a documentos em que a FCT, em carta enviada a Tiago Brandão Rodrigues, explica detalhadamente as quantias que o então aluno recebeu "indevidamente". Do mesmo modo, também acedeu a uma cópia do cheque passado pelo ministro da Educação à FCT, em que salda as contas com a instituição. "Tiago Brandão Rodrigues cometeu um crime", diz na SÁBADO Rui Carvalho.

Em declarações à SÁBADO, Tiago Brandão Rodrigues afirma que Rui Carvalho faz "acusações cegas e ofensivas", sublinhando que nunca praticou qualquer ilegalidade e que foi ele quem, na sequência da ruptura com Rui Carvalho, tomou pessoalmente a iniciativa de restituir à FCT o valor recebido. Isto antes de o próprio Rui Carvalho ter apresentado formalmente uma denúncia na FCT.

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