Seis anos depois do início da Operação Marquês, e já com uma acusação deduzida, há ainda dois mistérios que, até agora, ninguém, nem a investigação, nem as testemunhas ouvidas, conseguiu solucionar: o primeiro diz respeito a uma carta em branco que o advogado Sérvulo Correia, como representante do Estado, levou para a assembleia geral da PT de março de 2007 que travou a OPA da PT; o segundo diz respeito à introdução de uma cláusula de 190 milhões de euros que o Estado ficou obrigado a pagar ao consórcio TGV, uma vez que o concurso foi cancelado.