O Patriarcado não confirmou oficialmente se D. Manuel Clemente pediu a resignação do cargo na audiência privada que manteve com o Papa Francisco, a seu pedido, a propósito das "últimas semanas que marcaram a vida da Igreja em Portugal". Mas esta simples frase do único comunicado que enviou às redações diz tudo. D. Manuel Clemente fez o que tinha de ter feito depois de se ter tornado público que o Patriarca terá ocultado uma denúncia de abuso sexual e que terá mesmo chegado a encontrar-se pessoalmente com a vítima, tendo decidido não denunciar o caso à polícia e ainda manter o padre no ativo.