Segundo Marcelo Rebelo de Sousa, "a concentração dos poderes" relativos ao PUC-CPI "na figura do secretário-geral" do Sistema de Segurança Interna "poderá vir potencialmente a atingir esta competência do Ministério Público, assim violando a sua autonomia constitucionalmente protegida".
Os riscos desta mistura para a investigação criminal são evidentes e o papel da magistratura que é titular da ação penal em Portugal, o Ministério Público, é nesta matéria ignorado/desvalorizado (precisamente aquela magistratura que dadas as suas funções de titular da ação penal deveria assumir aqui um papel fundamental).
A plataforma é mais do que uma ferramenta de gestão dos fluxos informacionais, uma vez que sustenta toda a cadeia logística associada à entrada e à saída de mercadorias nos portos.
